Le fonctionnement de l'agence est assuré par un directeur géénral nommé par décret sur proposition du ministre de l'économie et des finances.
Le directeur général représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il exécute les décisions du conseil d'administration et assure le fonctionnement des services de l'agence. Il exerce son autorité sur le personnel de l'agence. Il est ordonnateur des dépenses de l'agence.