L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être créées par le directeur de l'agence, avec l'accord de l'agent comptable. Elles sont soumises aux dispositions du décret du 20 juillet 1992 susvisé.