Le médiateur est doté d'un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget. L'agent comptable est responsable personnellement et pécuniairement dans les conditions de l'article 60 de la loi du 23 février 1963 susvisée et du décret du 29 septembre 1964 susvisé.
Il est chargé de la tenue des comptabilités du médiateur, du recouvrement des contributions mentionnées à l'article 9 du présent décret et de toute autre recette du médiateur, du paiement des dépenses et du maniement des fonds ainsi que des mouvements de comptes de disponibilités.
Le décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique est applicable au médiateur qui est, pour l'application de ces dispositions, assimilé à un établissement public administratif dans des conditions précisées par un arrêté du ministre chargé de la comptabilité publique.