L'école est soumise au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 4 juillet 2005 susvisé. Les modalités particulières d'exercice de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé de l'aviation civile et du ministre chargé du budget.
L'école est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.