L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique à l'exception des 1° et 2° de l'article 175 et des articles 178 à 185 et 204 à 208. La comptabilité de l'établissement est distincte de celle de la Caisse des dépôts et consignations.