Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations autorisant les emprunts et le recours à la transaction ne sont exécutoires qu'après approbation expresse du ministre chargé de l'économie.
Les délibérations autorisant les prises de participation et les créations de filiales ne sont exécutoires qu'après approbation expresse du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé de l'aménagement du territoire.
Le règlement financier et comptable de l'agence est approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'aménagement du territoire, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget.