Les projets de budget et de décisions modificatives sont communiqués par l'école au ministre de la défense et au ministre chargé du budget quinze jours au moins avant leur présentation au conseil d'administration.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont exécutoires dans les mêmes conditions.
En cas d'opposition, le conseil d'administration dispose d'un délai de quinze jours pour délibérer à nouveau.
En cas d'opposition à cette nouvelle délibération ou à défaut d'une nouvelle délibération, le budget est arrêté conjointement par le ministre de la défense et par le ministre chargé du budget.
Les délibérations du conseil d'administration relatives aux prises de participations financières, à la création de filiales, aux emprunts et aux aliénations, acquisitions et échanges d'immeubles sont soumises à l'approbation expresse du ministre de la défense, du ministre chargé du budget et, en tant que de besoin, du ministre chargé de l'économie.