L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les opérations liées au réaménagement du spectre des fréquences radioélectriques font l'objet d'une individualisation budgétaire et comptable.
L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.