Les délibérations du conseil d'administration sont transmises par son président au commissaire du Gouvernement, au membre du corps du contrôle général économique et financier et aux ministres de tutelle. Elles sont exécutoires de plein droit si le commissaire du Gouvernement ou le membre du corps du contrôle général économique et financier n'y ont pas fait opposition dans les quatorze jours qui suivent la réception des délibérations.
S'il forme opposition, le commissaire du Gouvernement ou le membre du corps du contrôle général économique et financier en réfère immédiatement, suivant le cas, aux ministères de tutelle ou au ministre chargé du budget, qui doivent se prononcer dans un délai d'un mois. A défaut de décision notifiée dans ce délai, la délibération est exécutoire.
Toutefois, lorsqu'elles portent sur l'organisation générale de l'agence ainsi que sur son programme d'activité et sur les conditions générales d'attribution des subventions, les délibérations ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par les ministres de tutelle. A défaut d'opposition de l'un des ministres de tutelle dans le délai d'un mois à compter de leur réception, ces délibérations sont réputées approuvées.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.