Sous réserve de l'article R. 114-6-1 du présent code, l'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Toutefois, le compte financier est établi par l'agent comptable, arrêté par le directeur et approuvé lors de la même séance du conseil d'administration que celle qui approuve les comptes annuels et les comptes combinés.
Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics, modifié par le décret n° 92-1368 du 23 décembre 1992.