Le groupement est soumis aux dispositions du titre Ier du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique et, par dérogation aux dispositions des articles 1er et 3 de ce décret, aux dispositions du code général des collectivités territoriales relatives aux règles budgétaires, financières et comptables applicables aux départements. Le comptable public porte le titre d'agent comptable.
Le groupement est soumis au contrôle de la chambre régionale des comptes dans les conditions prévues par le code des juridictions financières.
L'agent comptable est nommé par le préfet après avis du directeur départemental des finances publiques. Il ne peut être remplacé ou révoqué que dans les mêmes formes.