Par dérogation aux dispositions de l'article 3 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, les organismes inter-établissements sont soumis aux dispositions des titres Ier et III de ce même décret à l'exception des 1° et 2° de l'article 175 et des articles 178 à 185, 204 à 208 et 220 à 228.
Outre les cotisations des établissements participants et les rémunérations pour services rendus, ces organismes peuvent recevoir des subventions de l'Etat, des collectivités territoriales et toutes autres personnes morales.
Le président de l'organisme est l'ordonnateur des dépenses et des recettes.
L'agent comptable est nommé par le comité de direction, sur proposition du directeur départemental des finances publiques du département du siège de l'établissement.
Il perçoit une indemnité fixée par le comité de direction dans les limites prévues à l'article D. 511-80.
Les dispositions de l'article R. 511-83 sont applicables aux organismes inter-établissements.