Les délibérations du conseil d'administration sur le règlement intérieur ainsi que les décisions du directeur général de l'établissement soumises à l'avis du conseil d'administration ou d'un conseil spécialisé sont exécutoires après leur approbation par le ministre chargé de l'agriculture.
Cette approbation est donnée conjointement par les ministres chargés de l'agriculture et du budget si le représentant de ce ministre au conseil d'administration le demande.
A défaut d'approbation expresse, ces décisions sont exécutoires à l'expiration d'un délai de quinze jours à compter de la date à laquelle le conseil a délibéré, à moins que l'un des représentants des ministres ci-dessus énumérés y fasse opposition pendant ce délai. Lorsque les représentants de l'Etat demandent par écrit des informations ou documents complémentaires, ce délai est suspendu jusqu'à la production de ces informations ou documents.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Toutefois, pour les opérations effectuées au titre de la réglementation communautaire, cette approbation est réputée acquise à la date de réception, par les autorités de tutelle, de la délibération et des documents correspondant.