Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après la réception du procès-verbal par le ministre chargé de la recherche et par le ministre chargé de l'agriculture à moins que ceux-ci n'y fassent opposition. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche et le ministre chargé de l'agriculture peuvent conjointement autoriser l'exécution immédiate.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Les délibérations portant sur les emprunts, les acquisitions, échanges ou aliénations d'immeubles ainsi que la participation aux organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public sont exécutoires dans les mêmes conditions. Les délibérations portant sur la participation à des groupements d'intérêt public sont exécutoires conformément aux dispositions du décret n° 83-204 du 15 mars 1983 relatif aux groupements d'intérêt public définis dans l'article 21 de la loi d'orientation et de programmation pour la recherche et le développement technologique de la France.
Les délibérations portant sur les matières énumérées au 13° de l'article R. 832-6 sont exécutoires sauf opposition du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture, du ministre chargé de l'économie ou du ministre chargé du budget dans un délai d'un mois à compter de leur réception par chacun de ces ministres.