La programmation des audits budgétaires et comptables est arrêtée dans chaque ministère par le comité ministériel d'audit interne, dont la composition et les missions sont précisées par arrêté.
S'agissant des audits comptables, le comptable centralisateur des comptes de l'Etat peut faire des propositions au comité ministériel d'audit par l'intermédiaire du contrôleur budgétaire et comptable ministériel, membre de droit de ce comité. Ces propositions peuvent porter sur toutes les opérations ayant un impact sur les comptes de l'Etat. Les missions d'audit programmées dans ce cadre peuvent être réalisées en partenariat avec des auditeurs placés sous l'autorité du ministre chargé du budget.
Le comptable centralisateur des comptes de l'Etat est destinataire des rapports établis à l'issue des missions d'audit comptable réalisées dans le cadre de cette programmation.