La sous-direction « projets de transformation ministériels » gère les relations entre le service à compétence nationale et les ministères utilisateurs et, en liaison avec la direction interministérielle pour la modernisation de l'action publique, assure la maîtrise d'ouvrage des outils de gestion du changement pour l'ensemble des systèmes d'information budgétaire, financière et comptable de l'Etat. Elle assiste les ministères utilisateurs dans le déploiement de ces systèmes d'information et la mise en œuvre de leur évolution.