Le paiement de l'aide est effectué sur présentation d'un dossier de liquidation, dont la composition est fixée par circulaire du ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie, comprenant notamment le certificat de radiation.
Le certificat de radiation est délivré par le service des douanes sur présentation d'une attestation de destruction ou d'innavigabilité délivrée par les centres de sécurité de la navigation des directions interrégionales de la mer et sous réserve de la levée des hypothèques enregistrées auprès du conservateur des hypothèques.