Le régime financier et comptable défini par les décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés et par l'article 60 de la loi de finances du 23 février 1963 relatif à la responsabilité des comptables publics est applicable à l'académie des sciences d'outre-mer.
Les opérations de l'établissement sont soumises au contrôle de l'inspection générale des finances, de l'inspection du Trésor et, à la demande du ministre de l'éducation nationale, au contrôle et aux vérifications de l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier, les emprunts, les acquisitions, échanges et-aliénations d'immeubles, sont exécutoires après approbation du ministre de l'éducation nationale.
L'académie des sciences d'outre-mer est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre de l'éducation nationale.