Lorsque la passation d'un marché présente un caractère d'urgence impérieuse, le président-directeur général de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer peut prendre la décision motivée de passer le marché sans demander l'avis de la commission. Dans ce cas, il rend compte aux ministres de tutelle de l'institut et communique immédiatement le dossier du marché, accompagné de cette décision motivée, au président, qui peut décider de le faire examiner a posteriori, et au contrôleur d'Etat de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer.