La commission nationale est présidée par le directeur de l'agence. Elle comprend en outre vingt-trois membres :
1° Le directeur des relations européennes et internationales et de la coopération au ministère de l'éducation nationale ou son représentant ;
2° Le directeur général de la coopération internationale et du développement au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
3° Le directeur général de l'administration au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
4° Un inspecteur général de l'éducation nationale, désigné par le ministre chargé de l'éducation ;
5° L'inspecteur général des affaires étrangères ou son représentant ;
6° Le directeur des Français à l'étranger et des étrangers en France au ministère des affaires étrangères ou son représentant ;
7° Deux députés et deux sénateurs représentant les Français établis hors de France ;
8° Deux membres de l'Assemblée des Français de l'étranger ;
9° Trois représentants des organisations syndicales représentatives des personnels enseignants français ;
10° Quatre représentants des associations de parents d'élèves ;
11° Deux représentants des organismes gestionnaires d'établissements scolaires français à l'étranger ;
12° Deux représentants des associations de Français établis hors de France.
Le service des bourses de l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger assure l'organisation et le secrétariat de la commission nationale.