Le président-directeur général de la Régie autonome des transports parisiens est nommé par décret.
Le directeur général des infrastructures, des transports et de la mer au ministère des transports ou son représentant siège au conseil d'administration de la régie en qualité de commissaire du Gouvernement.
Le chef de la mission de contrôle général économique et financier des transports assiste aux séances du conseil d'administration ou peut s'y faire représenter.