Le bénéficiaire a l'obligation de conserver la totalité des pièces relatives à l'aide attribuée durant les cinq années civiles suivant l'année du dernier acte relatif au dossier ou l'année du versement du solde de l'aide. Ce délai de conservation est interrompu par toute contestation portant sur l'application de la convention.
Les services nationaux compétents et les services de l'Union européenne peuvent procéder à des contrôles de la mesure. Lorsque ces contrôles conduisent à constater le non-respect d'une obligation ou un manquement aux règlements communautaires, l'établissement créé en application de l'article L. 621-1 du code rural et de la pêche maritime est compétent pour demander le remboursement de tout ou partie de l'aide versée au bénéficiaire, assorti, le cas échéants des sanctions, pénalités et intérêts définis au présent arrêté.