Le sous-directeur du pilotage des programmes budgétaires est assisté d'un adjoint, qui le remplace en cas d'absence ou d'empêchement.
La sous-direction du pilotage des programmes budgétaires comprend :
― le bureau des programmes et de la synthèse ;
― le bureau du pilotage des ressources humaines ;
― le bureau du budget opérationnel de programme.