Les permis de commerce parallèle ainsi que les décisions faisant suite à une demande de modification, de renouvellement ou de retrait de ces permis sont pris par le ministre chargé de l'agriculture. L'avis de l'Agence sur les demandes de permis de commerce parallèle et de renouvellement de ces permis comporte un examen d'identité réalisé conformément au 3 de l'article 52 du règlement (CE) n° 1107/2009. Pour l'établir, l'Agence peut utiliser les informations contenues dans le dossier du produit de référence ou celles mises à sa disposition par l'Etat membre d'origine.
A la demande du détenteur, le permis de commerce parallèle peut être renouvelé si les conditions requises pour son obtention sont toujours remplies.
Le permis est prolongé pendant la période nécessaire à la vérification du respect de ces conditions.