Le conseil d'administration comprend trente membres ainsi répartis :
1° Membres de droit :
- trois représentants de l'Etat, dont un représentant du ministre chargé de l'agriculture, un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur, un représentant du ministre chargé de la recherche, ou leurs suppléants, nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture ;
- quatre représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements désignés respectivement par leur organe délibérant, ou leurs suppléants ; ces collectivités ou groupements sont choisis par le conseil d'administration en assurant une représentation équilibrée des niveaux de collectivités sur le territoire desquelles est principalement implanté l'établissement ;
2° Membres nommés :
- huit personnalités qualifiées, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, représentatives des professions et des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont deux choisies sur proposition du ministre chargé de la recherche, deux sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur et au moins un parmi les anciens élèves ;
3° Membres élus :
- trois représentants des professeurs et personnels assimilés, ou leurs suppléants ;
- trois représentants des maîtres de conférences et personnels assimilés et des autres personnels enseignants, ou leurs suppléants ;
- quatre représentants des personnels administratifs, ingénieurs, techniques, ouvriers et de service, ou leurs suppléants ;
- un représentant des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe, ou son suppléant ;
- quatre représentants des étudiants dont un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement, ou leurs suppléants.
Le conseil d'administration élit un président et un vice-président en son sein parmi les personnes extérieures à l'établissement et n'assurant pas la représentation de l'Etat.