La demande d'un agrément pour un établissement est adressée par l'exploitant de cet établissement, avant sa mise en activité, au préfet du département d'implantation de l'établissement ou d'immatriculation du navire, à l'aide du formulaire CERFA n° 13983 publié sur le site internet du ministère chargé de l'agriculture. Cette demande tient lieu de déclaration au sens de l'article 1er de l'arrêté du 28 juin 1994 susvisé. Pour que la demande soit recevable, elle doit être accompagnée d'un dossier comprenant les documents descriptifs de l'établissement et le plan de maîtrise sanitaire, notamment fondé sur les principes de l'HACCP, tels que définis en annexe 2.
Une instruction publiée au Bulletin officiel du ministère chargé de l'agriculture précise le contenu des pièces définies dans l'annexe 2. Des arrêtés fixant des exigences spécifiques peuvent prescrire la présentation de documents complémentaires.
Pour établir ces documents, le professionnel peut se référer à un guide de bonnes pratiques d'hygiène et d'application des principes HACCP validé pour les domaines d'activités concernés.
La demande est renouvelée pour la manipulation d'une catégorie de produits ou pour une activité ne figurant pas sur la liste initiale. Toute modification importante des locaux, de leur aménagement, de leur équipement, de leur affectation ou du niveau de l'activité doit entraîner l'actualisation des pièces constitutives du dossier de demande d'agrément et sa notification auprès du préfet.