Les commissions territoriales des voies navigables comprennent des élus locaux, des personnalités désignées par les agences de l'eau, des chambres consulaires, des grands ports maritimes, des ports autonomes, des concessionnaires de voies navigables, des professionnels du transport fluvial, des usagers des transports, des autres utilisateurs du domaine confié à l'établissement, des associations de protection de l'environnement ainsi que des représentants des personnels des services territoriaux de Voies navigables de France.
Les commissions territoriales des voies navigables assistent le président du conseil d'administration et le directeur général ou son représentant dans l'exercice de leurs missions et donnent leur avis sur toute question qu'ils leur soumettent. Elles peuvent notamment être consultées sur les péages, droits fixes et redevances domaniales, les priorités d'investissements, les schémas de développement et les conditions d'exploitation du réseau. Elles peuvent, en outre, se saisir de toutes questions relatives à l'exercice des missions de l'établissement public, dans les limites de leur circonscription. Elles se réunissent au moins une fois par an.
Les commissions territoriales sont coprésidées par un président élu par les membres de celles-ci parmi les élus locaux et par le préfet de la région où la commission a son siège, ou par son représentant.
Le nombre de ces commissions, qui ne peut être inférieur à deux, leur composition, le mode de désignation de leurs membres, leur circonscription et leurs règles de fonctionnement sont fixés par le conseil d'administration de l'établissement. Les secrétariats des commissions sont assurés par le représentant du directeur général de l'établissement.