Le directeur général met en œuvre la politique arrêtée par le conseil d'administration, prépare ses délibérations et s'assure de leur exécution.
Il exerce la direction générale de l'établissement et est responsable de la bonne marche de l'établissement, de sa bonne gestion économique et financière.
Il conclut tout marché ou accord-cadre dont le montant est inférieur à un seuil fixé par le conseil d'administration.
Il signe tous actes et contrats et représente l'établissement dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers.
Il représente l'établissement en justice.
Il signe les conventions collectives et accords d'établissement.
Outre les compétences qu'il détient en matière de personnel en application de l'article L. 4312-3 du code des transports, il nomme et licencie le personnel de droit privé de l'établissement.
Il est ordonnateur des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires parmi les directeurs territoriaux de l'établissement.
Il prépare l'état des prévisions de recettes et de dépenses de l'établissement ainsi que les décisions modificatives et veille à leur exécution.
Il rend compte en conseil d'administration des principales décisions qu'il prend. A ce titre, il lui présente un rapport d'activité de l'établissement.
En cas d'urgence, il modifie les jours et horaires de navigation ; il rend compte de ses décisions à la séance du conseil d'administration la plus proche.