Le conseil d'administration se réunit aussi souvent qu'il est nécessaire et au moins trois fois par an, sur la convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
La convocation est de droit si elle est demandée par le commissaire du Gouvernement. Il en est de même si elle est demandée, sur un ordre du jour déterminé, par au moins la moitié des membres du conseil d'administration, dès lors que celui-ci ne s'est pas réuni depuis plus de deux mois.
Sur demande de la majorité des représentants du personnel du conseil d'administration, un point peut être inscrit à l'ordre du jour, sous réserve que cette demande soit effectuée vingt et un jours avant la date de réunion du conseil.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres assiste à la séance ou s'y fait représenter. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Les membres du conseil d'administration peuvent participer à la séance par des moyens de visioconférence permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale, dans des conditions précisées par le règlement intérieur. En pareil cas, en sus de la règle définie à l'alinéa précédent, le nombre de membres physiquement présents à la séance ne peut être inférieur au quart de l'effectif total du conseil.
Un membre du conseil d'administration peut donner procuration à un autre membre du conseil d'administration. Nul ne peut être porteur de plus d'une procuration.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix ; en cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.
Il est établi un procès-verbal de chaque séance, signé par le président de séance et par le secrétaire désigné par le président de séance parmi les agents de Voies navigables de France. Le procès-verbal est adressé sans délai au ministre des transports.