Dès réception de la demande, l'Agence transmet au ministre chargé de l'agriculture la synthèse du dossier pour transmission à la Commission européenne et, le cas échéant, la demande de reconnaissance du caractère confidentiel de certaines informations figurant dans la demande d'autorisation.
Lorsque le dossier est complet, elle transmet la demande au Haut Conseil des biotechnologies et au ministre chargé de l'agriculture, qui les transmet à la Commission européenne.
L'Agence procède à l'instruction de la demande parallèlement au Haut Conseil des biotechnologies.
Au vu des avis de l'Agence et du Haut Conseil des biotechnologies, le ministre chargé de l'agriculture établit le rapport d'évaluation mentionné à l'article R. 533-30 du code de l'environnement.