Pour chaque affaire, le président de la commission des recours désigne un rapporteur, choisi parmi les fonctionnaires et agents des services du ministre chargé de la santé et de l'action sociale, sans que ce rapporteur puisse appartenir au même service que le requérant. Les rapporteurs peuvent également être choisis parmi les membres du Conseil d'Etat, les magistrats de la Cour des comptes, les membres des tribunaux administratifs et des cours administratives d'appel et les magistrats des chambres régionales des comptes.
Le président statue sur toutes les mesures d'instruction et d'enquête qui lui sont proposées par le rapporteur. Ce dernier dispose de tous les pouvoirs d'investigation auprès des administrations intéressées.
Le requérant, l'autorité dont émane la décision ou les mandataires qu'ils désignent à cet effet doivent être mis à même de prendre connaissance du dossier soumis à la commission des recours.
Dès production des observations en application de l'article 20 ou à l'expiration du délai fixé par le président, l'affaire est inscrite à l'ordre du jour d'une séance de la commission.