Dans le respect des dispositions législatives et réglementaires en vigueur, le règlement intérieur de l'établissement précise notamment la composition du conseil d'administration et du conseil scientifique, les règles de quorum et les modalités de délibérations de ces conseils, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs.
Il définit en outre la liste des personnes qui peuvent assister aux séances des conseils avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.
Il fixe également la composition du conseil d'orientation stratégique, ses modalités d'organisation et de désignation de son président et de ses membres.