Le président de l'école et le directeur général sont nommés pour une durée de cinq ans, renouvelable une fois, par décret du Président de la République, pris sur le rapport du ministre chargé de l'enseignement supérieur, sans considération de nationalité.
Ils sont choisis, après appel de candidatures, parmi les personnalités ayant une compétence dans les domaines d'activité de l'école.
Chaque candidat à la fonction de président présente à l'appui de sa candidature un projet d'établissement. Il élabore ce projet d'établissement conjointement avec le candidat à la fonction de directeur général.
Les deux candidatures sont déposées concomitamment et tiennent compte des grands secteurs de formation enseignés de l'école.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur demande à une commission un avis motivé sur les candidatures qu'il a retenues. Cette commission est constituée de personnalités scientifiques, françaises et étrangères, choisies en raison de leur compétence dans les disciplines correspondant aux missions de l'école, nommées par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur.
Les fonctions de président et de directeur général sont incompatibles avec l'exercice de fonctions électives au sein de l'école et de fonctions de directeur d'institut, de département, de laboratoire de recherche et de service.
La durée des fonctions en qualité de président et de directeur général ne peut excéder deux mandats.
Dans le cas où le président ou le directeur général cesse ses fonctions pour quelque cause que ce soit, un nouveau président ou un nouveau directeur général est nommé, dans les mêmes formes que celles prévues au premier alinéa, pour la durée du mandat restant à courir de son prédécesseur. Si la vacance intervient au cours des deux dernières années du mandat, le nouveau président ou le nouveau directeur général peut exercer deux autres mandats.