L'école est dirigée, dans le cadre de leurs attributions respectives, par un président et un directeur général.
Elle est dotée d'un conseil d'administration, d'un conseil scientifique et d'un conseil d'orientation stratégique.
L'école comprend des instituts, des départements, des laboratoires de recherche et des services, dont l'organisation et le fonctionnement sont prévus par le règlement intérieur.