Dès sa formation ou son renouvellement, le conseil d'administration se réunit sur la convocation et sous la présidence du préfet de la région Ile-de-France ou de son délégué, cette convocation étant adressée aux membres du conseil d'administration au moins dix jours avant la date prévue.
Dès sa première réunion, le conseil d'administration élit son bureau composé d'un président, d'un vice-président et d'un secrétaire choisis parmi les membres du conseil. Il peut également élire un second vice-président. Les candidats aux fonctions de membres du bureau doivent, au moins trois jours ouvrables avant la séance du conseil au cours de laquelle il doit être procédé à l'élection du bureau, se faire connaître auprès du commissaire du Gouvernement et lui transmettre la déclaration mentionnée à l'article 9. Faute pour les candidats d'avoir observé ces formalités, leur candidature est irrecevable. Préalablement au vote, le commissaire du Gouvernement informe le conseil d'administration de ce qu'un candidat, s'il venait à être élu, lui paraîtrait susceptible de s'exposer, dans ses fonctions de membre du bureau, à l'application des dispositions de l'article 432-12 du code pénal.
Le président, les deux vice-présidents et le secrétaire du conseil d'administration sont élus pour cinq ans. Les membres sortants du bureau sont rééligibles à celui-ci.
Le conseil d'administration peut adjoindre au secrétaire des secrétaires auxiliaires pris dans le personnel du port autonome qui assistent aux séances sans participer aux délibérations.
Le mandat des membres du bureau expire normalement avec leur mandat de membres du conseil d'administration. Toutefois, le mandat de président du conseil d'administration prend fin au plus tard lorsque son titulaire atteint l'âge de soixante-sept ans.