Le règlement intérieur de l'établissement fixe en annexe les missions et les compétences des instituts, des départements et des laboratoires de recherche, leurs modalités d'organisation et de fonctionnement, de désignation de leurs responsables ainsi que la durée de leurs mandats.
Toutefois, l'article L. 713-9 du code de l'éducation et les textes pris pour l'application de l'article L. 713-1 du même code sont applicables aux instituts de l'université de Nîmes quand ils assurent les activités confiées aux composantes des universités par ces mêmes textes.