Le conseil d'administration de l'agence comprend, outre son président :
1° Neuf membres de droit représentant l'Etat :
a) Le directeur général de la santé ou son représentant ;
b) Le directeur général de l'offre de soins ou son représentant ;
c) Le directeur de la sécurité sociale ou son représentant ;
d) Le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales ou son représentant ;
e) Le directeur du budget ou son représentant ;
f) Le directeur général de la recherche et de l'innovation ou son représentant ;
g) Le directeur général de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes ou son représentant ;
h) Le directeur général de la compétitivité, de l'industrie et des services ou son représentant ;
i) Le directeur de l'Union européenne ou son représentant ;
2° Trois députés et trois sénateurs, désignés par le président de leur assemblée respective ;
3° Deux représentants des régimes obligatoires de base d'assurance maladie, désignés sur proposition de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie ;
4° Un représentant de l'Ordre national des médecins, un représentant de l'Ordre national des pharmaciens, désignés chacun sur proposition de leur ordre ;
5° Deux représentants des associations d'usagers du système de santé, agréées au niveau national conformément aux dispositions de l'article L. 1114-1 ;
6° Deux personnalités qualifiées dans les domaines de compétence de l'agence ;
7° Trois représentants du personnel de l'agence élus par ce personnel selon les modalités définies par le règlement intérieur de l'agence.
En cas d'empêchement, chaque membre du conseil d'administration peut donner mandat à un autre membre pour le représenter. Nul ne peut être porteur de plus de deux mandats par séance.