Le secrétariat général comprend, outre la mission de contrôle interne pour la maîtrise des risques et la cellule de pilotage des systèmes d'information :
- la direction générale des ressources humaines ;
- la direction des affaires financières ;
- la direction des affaires juridiques ;
- la direction de l'évaluation, de la prospective et de la performance ;
- la direction des relations européennes et internationales et de la coopération ;
- la délégation à la communication ;
- le service de l'action administrative et de la modernisation ;
- le service des technologies et des systèmes d'information.