A l'exception des activités pédagogiques, qui relèvent directement du directeur adjoint en charge de ces questions, les services de école sont placés sous l'autorité du secrétaire général, assisté d'un secrétaire général adjoint. Sa mission consiste, sous l'autorité directe du directeur, à gérer les ressources humaines, programmer, organiser, établir et assurer le suivi du budget, des projets informatiques, des marchés publics ainsi que des opérations et prestations nécessaires pour le fonctionnement de l'école.
Les fonctions de secrétaire général et de secrétaire général adjoint sont exercées par des greffiers en chef.