L'Ecole nationale des greffes est dirigée par un magistrat de l'ordre judiciaire. Il est nommé par le garde des sceaux, ministre de la justice et des libertés, sur proposition du directeur des services judiciaires.
Responsable du budget opérationnel de programme (BOP), le directeur a autorité sur l'ensemble des personnels de l'école et des stagiaires. Il dirige l'ensemble des services, assure le fonctionnement et la discipline intérieure et prend toute mesure nécessaire à la sécurité et au bon ordre de l'école.
Le directeur est assisté dans ses missions par deux directeurs adjoints, dont l'un est spécialement chargé des activités pédagogiques.