L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques met en place, en tant que de besoin, des délégations régionales ou interrégionales et des services départementaux ou interdépartementaux, ainsi que des pôles d'études et de recherches.
Le délégué régional ou interrégional a autorité sur les agents de la délégation et sur les chefs des services départementaux ou interdépartementaux situés dans le ressort de la délégation.
La coopération de l'office et de ses échelons territoriaux avec les directions régionales de l'environnement et les agences de l'eau pour la réalisation des missions incombant à l'établissement public fait l'objet de conventions passées entre l'office, les préfets intéressés et les agences de l'eau, conformes à une convention type fixée par arrêté du ministre chargé de l'environnement.
Une convention conclue entre le directeur général de l'office et le préfet de département, en qualité de représentant de l'Etat, détermine les modalités de coopération de l'office et de ses échelons territoriaux avec les services de l'Etat dans le département, notamment en matière de police de l'eau et de la nature, conforme à une convention type fixée par arrêté du ministre chargé de l'environnement.