Le préfet de région est le délégué de l'agence pour ce qui est de son action dans la région, notamment dans les conditions fixées aux articles 59-2 et 59-3 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 modifié relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action de l'Etat dans les régions et départements. A ce titre, il préside le comité régional d'orientation et la commission régionale des aides. Il veille à la cohérence et à la coordination des actions de l'agence avec celles conduites par les administrations et les autres établissements publics de l'Etat en région, conformément au contrat d'objectifs à caractère pluriannuel signé avec le président de l'agence.