Le représentant de l'Etat dans la région, le département et la collectivité territoriale de Corse est le délégué territorial de l'agence pour son action dans la collectivité, notamment dans les conditions fixées à l'article L. 121-15 et à l'article 59-2 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 modifié relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action de l'Etat dans les régions et départements.
En outre, le représentant de l'Etat, en qualité de délégué territorial, est l'ordonnateur secondaire pour les programmes d'intervention et les crédits qui lui sont délégués par le directeur général.
Le délégué assure l'instruction des demandes de financement et des dossiers de convention. Il attribue les subventions allouées par l'agence et signe avec la personne bénéficiaire les conventions dont ces subventions sont assorties.
Il instruit les demandes de versement de subvention formulées par les collectivités territoriales, les établissements publics de coopération intercommunale et les organismes publics ou privés, notamment les associations, et contrôle l'exécution des opérations qui en font l'objet.
Les projets d'actes et documents émanant du délégué de l'agence en sa qualité d'ordonnateur secondaire sont soumis à l'autorité chargée du contrôle financier placée auprès de l'autorité administrative déconcentrée.
Un arrêté cosigné par le ministre chargé du budget et les ministres de tutelle précise les modalités de ce contrôle.
Il établit chaque année, à l'attention du directeur général de l'agence, un rapport relatif à l'état d'avancement des conventions signées, en particulier celles concernant les quartiers prioritaires de la politique de la ville.
Un délégué adjoint est nommé par le directeur général de l'agence sur proposition du représentant de l'Etat. Le délégué délègue sa signature en tant que de besoin au délégué adjoint et aux personnels placés sous son autorité qui apportent leur concours à l'agence.