La sous-direction des affaires financières est chargée de préparer et de suivre l'exécution du budget du ministère conformément aux dispositions de la loi organique n° 2001-672 du 1er août 2001 relative aux lois de finances.
Elle suit, pour l'ensemble du ministère, les questions économiques et comptables, budgétaires et financières.
Elle exerce les fonctions d'ordonnateur principal délégué du ministre.
Elle veille à la cohérence de l'organisation budgétaire et comptable des services et s'assure du respect de la réglementation financière et comptable. A ce titre, elle conçoit et pilote la mise en œuvre des dispositifs de contrôle interne budgétaire et comptable au sein des services du ministère.
Elle assure la synthèse et la coordination du pilotage stratégique des opérateurs du ministère. Dans ce cadre, elle anime le réseau des tutelles et des opérateurs et assure le suivi de la mise en œuvre des directives gouvernementales les concernant.
Elle coordonne, pour le compte du ministère, les réponses aux communications de la Cour des comptes.