Le stage est financé sur le budget du ministère chargé de la santé.
Le financement couvre :
1° Le remboursement à l'établissement d'affectation des rémunérations allouées aux étudiants, en application des dispositions prévues par la section II, chapitre III, titre V, livre Ier, sixième partie du code de la santé publique.
2° Le remboursement à l'unité de formation et de recherche médicale des honoraires pédagogiques versés au praticien agréé-maître de stage des universités dans les conditions prévues par l'arrêté du 16 mai 1997 susvisé pour l'accueil d'un étudiant à temps plein. Ces honoraires mensuels sont calculés prorata temporis en fonction de la quotité d'accueil de l'étudiant chez le praticien agréé-maître de stage des universités chaque mois. Dans l'hypothèse où l'étudiant est accueilli chez plusieurs praticiens agréés-maîtres de stage des universités, les honoraires pédagogiques ne sont dus qu'une fois.
3° Le remboursement à l'unité de formation et de recherche médicale des indemnisations forfaitaires versées, le cas échéant, au praticien agréé-maître de stage des universités exerçant une activité libérale en vue de compenser la perte de ressources professionnelles durant la formation qui lui est dispensée sous l'égide de l'Université. Ces indemnités forfaitaires sont égales à quinze fois la valeur de la consultation de médecin généraliste, telles qu'elles résultent de l'application des articles L. 162-5 du code de la sécurité sociale, dans la limite de deux journées par praticien agréé-maître de stage des universités.