Le Conseil supérieur harmonise les conditions dans lesquelles sont effectués les contrôles de qualité des cabinets individuels et des sociétés d'expertise comptable dans les différentes circonscriptions régionales de l'ordre.
Il harmonise également, en accord avec la commission nationale d'inscription, les conditions dans lesquelles sont effectués les contrôles de qualité des associations de gestion et de comptabilité dans l'ensemble des circonscriptions régionales de l'ordre.