Le comité se réunit au moins une fois par an en formation plénière. Il peut également être réuni chaque fois que son président le juge opportun ou à la demande du quart de ses membres.
La sous-direction du corps préfectoral et des administrateurs civils assure le secrétariat du comité. A ce titre, elle a en charge le fonctionnement du comité, sa gestion et son animation ainsi que la réalisation des missions définies à l'article 1er, en liaison avec les membres du comité et selon les directives du président.