Douze suppléants sont désignés dans les mêmes conditions que les membres titulaires mentionnés au 4° de l'article 2. Ils remplacent ces derniers en cas d'absence ou d'empêchement.
Ils leur succèdent s'il se produit une vacance en cours de mandat, pour la durée du mandat restant à courir.
Les ministres chargés des mines, de l'industrie, de l'énergie, de l'écologie et du développement durable nomment par arrêté le président de la commission et un vice-président chargé de le suppléer parmi les membres mentionnés à l'article 2.
Le vice-président du Conseil général de l'environnement et du développement durable, le commissaire général au développement durable, le vice-président du Conseil général de l'industrie, de l'énergie et des technologies, le président d'IFP Energies nouvelles, le président du Bureau de recherches géologiques et minières (BRGM) et le président de l'Institut national de l'environnement industriel (INERIS) peuvent assister aux réunions de la commission, avec voie consultative. Ils peuvent se faire représenter en notifiant par écrit le nom de leur représentant.