Les emplois permanents de l'établissement public sont pourvus par des agents contractuels. Le statut des personnels de l'établissement public est régi par le décret en Conseil d'Etat pris en application de l'article 7 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat et par un décret particulier.
Les biens, droits et obligations de l'association dénommée " Association pour les fouilles archéologiques nationales " sont dévolus à l'établissement public dans des conditions fixées par décret.