Sauf dispositions contraires prévues dans le présent décret, le régime financier applicable à l'institut est défini aux articles L. 719-4 à L. 719-9 du code de l'éducation et par le décret du 27 juin 2008 susvisé.
Le projet de budget de l'institut communiqué aux ministres chargés de l'industrie et des communications électroniques en application combinée de l'article 5 du présent décret et de l'article 12 du décret du 27 juin 2008 susvisé est également communiqué au ministre chargé du budget. Lors de la séance du conseil d'administration, le représentant du ministre du budget peut décider que le budget est soumis à son approbation dans les cas énumérés à l'article 16 de ce même décret.
Le budget de l'institut est arrêté par le conseil d'administration avant le 1er décembre de l'année précédant l'exercice concerné.
L'agent comptable de l'institut est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de l'industrie, des communications électroniques et du budget. Des agents comptables secondaires peuvent également être nommés par arrêté conjoint des mêmes ministres.
L'institut est soumis au contrôle financier a posteriori prévu par l'article L. 719-9 du code de l'éducation. Ce contrôle est exercé par le contrôleur budgétaire et comptable ministériel en charge du programme budgétaire auquel est rattaché l'institut à titre principal.